Bien que, avec l'ouverture du Satellite, la capacité de l'aéroport avait augmenté de 6 millions à 8 millions de passagers par an, il s'avérait très vite que cela n'allait pas être suffisant pour absorber la croissance du nombre de passagers. Le Master Plan présenté le 22 janvier 1985 par le Ministre des Transports de l'époque, Herman De Croo, devait servir de base à la modernisation de l'aéroport. Son projet "Zaventem 2000" devait conduire à la constitution de BATC (Brussels Airport Terminal Company), la société privée qui s'occuperait de la construction et de la gestion du nouveau terminal. Le 22 juin 1987 fut ensuite posée la première pierre du centre de contrôle du trafic aérien CANAC (Computer Assisted National Air Traffic Control Center).
BATC construisit un nouveau terminal qui fut accolé au bâtiment de 1958 ainsi qu'une jetée B (hors-Schengen) longue de 650 mètres et équipée de 23 passerelles d'embarquement. Ce nouveau complexe fut ouvert officiellement le 12 décembre 1994 par le Roi Albert II. A l'occasion, le Roi recevait un modèle réduit de l'oeuvre monumental d'Olivier Strebelle qui a orné le hall des départs jusqu'en 2016.
Vers la fin de 1994, Brussels Airport avait accueilli plus de 11 millions de passagers. En 1998, la fusion d'une partie de la Régie des Voies aériennes avec BATC menait à la création de Brussels International Airport Company. L'autre partie de la Régie allait devenir Belgocontrol. BIAC reçut en décembre 1998 l'autorisation de construire la jetée A. La nouvelle jetée était construite parallelement à la jetée B et était relié au terminal par un tunnel. La jetée A comptait 31 passerelles d'embarquement et était réservée aux vols Schengen. La jetée A fut inaugurée officiellement le 16 mai 2002 par le Prince Philippe.
La sécurité du trafic aérien est garantie par une tour de contrôle hypermoderne mise en service en 2004 par Belgocontrol. En 2004, BIAC est privatisée pour devenir Brussels Airport Company. L'Etat belge garde 25% des actions. En 2014, Brussels Airport Company a lancé sa nouvelle marque: "The Heart of Europe".
Parmi les grands projets récents de l’aéroport, le "Connector" est un des plus marquants. Il s’agit d’une construction qui relie, directement et en surface, le bâtiment du terminal à la jetée A. Avant, le tunnel entre le terminal et la jetée, et la nécessité des déplacements verticaux par escalators ou ascenseurs, étaient ressentis par de nombreux passagers comme un inconfort. Afin d’augmenter le confort des passagers, le tunnel a été remplacé par un vaste bâtiment de liaison en surface. Le Connector a été inauguré le 24 mars 2015 en présence de Sa Majesté le Roi. Le 26 mars 2015 le nouveau bâtiment a accueilli ses premiers passagers.
Un riche passé aéroportuaire forme la base de Brussels Airport qui, après les événements du 9/11, la perte de la Sabena et l’attaque terroriste du 22 mars 2016, a su reprendre son envol pour devenir l'aéroport international en pleine croissance qu'il est aujourd'hui. En 2018, Brussels Airport a accueilli 25 millions de passagers, un record absolu.